Het Amsterdamsche grachtencomplex vormt een onderdeel van Amstellands boezem en kan daarvan geheel worden afgesloten. Een reeks van sluizen kan de grachten afsluiten van het IJ-Noordzeekanaal; de afscheiding met het hoofdgedeelte van Amstellands boezem, den Amstel geschiedt door de Amstelsluizen en sluizen in de Stadhouderskade, n.l. de toldeur onder het Leidscheplein en de sluis bij het Weteringhek. Ook met Rijnlands boezem is gedeeltelijk rechtstreeks langs Schinkel en Kostverlorenvaart door de sluizen in de Kostverlorenvaart, gedeeltelik indirect langs de Ossendorper Binnenpolder communicatie mogelijk. Tegenover den samenhang met Amstellands boezem echter is die met Rijnlands ondergeschikt, daar als regel Rijnland lager staat dan het Stadsgrachtengebied, en menging van het water slechts door het scheepsverkeer langs de Kostverlorenvaart, het v. Lennepkanaal en den Schinkel zal plaats hebben. De afwatering van het Amstelwater is door het soms vrij aanzienlijke verval van veel meer beteekenis. Verder bestaat er een kunstmatige verbinding met de Zuiderzee langs de 9 syphonkokers, die bij Zeeburg in het Merwedekanaal liggen en waardoor bij voldoend verval tusschen Zuiderzee en het grachtennet water kan worden in- of uitgelaten. Het Zuiderzeewater kan langs dezen weg als spuiwater worden gebruikt en als regel laat men dagelijks in den nacht een vrij aanzienlijke hoeveelheid zeewater binnen. Het IJ-Noordzeekanaal staat als regel lager dan de stadsgrachten en meestal zal dus slechts stadswater naar dat gebied toevloeien en niet omgekeerd. De totale oppervlakte van het grachtennet bedraagt ± 260 H.A., de diepte ongeveer 2½ Meter. Gedurende drie jaren heb ik in den regel maandelijks in de Amsterdamsche grachten op vaste punten planktonmonsters verzameld. Dit geschiedde met een tweeledig doel. Allereerst om van dit watergebied de fauna en flora te onderzoeken, waarvan nagenoeg niets bekend was; in de tweede plaats om zoo mogelijk een inzicht te krijgen in de rol van de verschillende micro-organismen in het vervuilings- en zelfreinigingsproces in de stadsgrachten. Sedert het gereedkomen van de groote nieuwe rioleering (1913—1915) vormt het grachtennet niet meer een gelijkvormig geheel, maar er is één gedeelte, n.l. de Oude Stad, waar de toestand bij het oude is gebleven en waar faecaliën en huishoudwater nog in de grachten vloeien en een ander gedeelte n.l. de Nieuwe Stad, alles buiten de Mauritskade—Stadhouderskade—Nasaukade, waarin geen vervuild water meer afvloeit. De beide gebieden hydrobiologisch te vergelijken was mede het doel van dit onderzoek.